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2009-2010

Mardi 20 octobre 2009

Andras Paldi

(Généthon/CNRS & École Pratique des Hautes Études, Paris)
« L’apport conceptuel de l’épigénétique dans la génétique »

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17 novembre 2009

John Stewart
(CRED/Université Technologique de Compiègne)
« Quelle origine pour le système génétique ? »

Abstract
Le but de ce séminaire est de cerner un problème fondamental en biologie concernant l’origine de la vie, qui à ma connaissance ne possède pas de solution actuellement; et éventuellement d’ouvrir une piste pour l’aborder. Le problème est le suivant: tous les organismes vivants actuels proviennent d’autres organismes vivants (Pasteur); la génération spontanée n’existe pas de nos jours. Cependant, logiquement, en remontant le temps, les PREMIERS organismes vivants ont DU advenir par génération spontanée. Le problème spécifique que je souhaite soulever, c’est que toutes les formes de vie « primitive »susceptibles d’advenir spontanément (par exemple, des « vésicules »
autopoïétiques) n’ont pas d’emblée un système génétique leur permettant d’évoluer vers des formes plus complexes. Le premier « système génétique » ne pouvait pas être le système actuel basé sur l’ADN + protéines; mais alors, qu’est-ce qu’il aurait pu être ?

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15 décembre 2009

Paul-Antoine Miquel

(Département de Philosophie, Université de Nice & Centre Cavaillès, Paris)
« En quel sens le vital peut-il être une extension de la physique ? « 

Abstract En quel sens le vital peut-il être compris comme une extension du physique?
L’histoire parfois semble bégayer. Ainsi en est-il aussi souvent en histoire des sciences. Des vieux vins sont resservis dans de nouveaux flacons.
C’est ainsi que le mécanisme ressurgit aujourd’hui sous un nouveau visage qui n’est plus celui de la théorie de l’information. En face de lui nous voudrions revenir sur des travaux déjà effectués autour des concepts « d’anti- entropie » et « d’état critique étendu » proposés par F. Bailly et G. Longo, en nous focalisant sur le rôle des paramètres physico-chimiques dans les systèmes biologiques.Nous souhaitons, autour de ce point précis nous demander « en quel sens du mot extension » peut-on dire dire du vital qu’il est une extension du physique? Est- ce en un sens simplement « sémantique » et « conservatif » (Suppe, Van Fraassen, Giere), ou en un sens « constructif »? Nous opterons pour cette dernière solution et en examinerons les conséquences.

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19 janvier 2010

Marcello Buiatti
(Département de Biologie animale et Génétique, Université de Florence, IT)

« Le retour de Darwin et Lamarck »

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16 février 2010

Kepa Ruiz-Mirazo
(Département de Logique et Philosophie des Sciences/Unité de Recherche en Biophysique, Université du Pays Basque, ES)

« Emergence of functional constraints through a protocell model »

Abstract
In this talk I will try to show how protocell modeling could help us tackle a difficult conceptual problem in philosophy and biology: the origin of functionality, its natural material roots. In the context of prebiotic chemical evolution, when would we be entitled (if ever) to say that a part of a system becomes functional?
Could this be even before the mechanism of natural selection starts to operate? My tentative answer will be positive, relying on a ‘dispositional’ or ‘organizational’ type of approach to the concept of function, to be applied in protocell development, once clearly distinguishable parts of the system, performing clearly distinguishable constraining actions on other parts of the system, prove indispensable for the global and continuous maintenance of the whole.

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23 mars 2010

Jesper Hoffmeyer
(Département de Biologie Moléculaire, Université de Copenhague, DK)

« A Semiotic Approach to the Study of Life »

Abstract
Biosemiotics, the study of life from a semiotic or sign-theoretical perspective, is based on the idea that semiosis and signification is central to life. Living systems cannot be undestood apart form the environment towards which their activities are unavoidably directed. Life is always « about » something else. The phenomenon of something being « about » something else has come to be known as intentionality. Dead things like clouds or stones are not believed to posses intentionality, they are not about something else, but thoughts, fears, hopes and other mental states exhibit intentionality. Intentionality has been seen as a demarcation line between humans and animals. An alternative position, probably shared by most philosophers of mind, considers that whatever is real is also nonintentional and explicable naturalistically. The paper presents a third position, a biosemiotic approach (following the lead of the American scientist and philosopher Charles S. Peirce 1839-1914), that takes intentionality to be a real property of all living systems, a property that – like everything else in the life world – calls for evolutionary explanation. The paper will sketch an evolutionary trend towards increased semiotic freedom.

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20 avril 2010

Athel Cornish-Bowden et Maria-Luz Cardenas
(Institut de Biologie Structurale et Microbiologie, CNRS, Marseille)

« Un simple système métabolique qui s’autoorganise »

Abstract
The definition of life has excited little interest among molecular biologists during the past half-century, and the enormous development in biology during that time has been largely based on an analytical approach in which all biological entities are studied in terms of their components, the process being extended to greater and greater detail without limit. Future advances, for example for creating artificial life or for taking biotechnology beyond the level of tinkering, will need more serious attention to be given to the question of what makes a living organism living. According to Robert Rosen’s theory of (M,R)-systems (metabolism-replacement systems), the central idea missing from molecular biology is that of metabolic circularity, most evident from the obvious but commonly ignored fact that enzymes are not given from outside but are products of metabolism, and thus metabolites. Rosen’s theory constituted a fundamental advance in our understanding of the essential nature of a living organism as a self-organizing system, one that is closed to efficient causation, synthesizing, and maintaining all of the catalysts necessary for sustained operation during the whole period of its lifetime. Although it is not difficult to construct a model metabolic system to represent an (M,R)-system, such a model system will typically appear to lack organizational invariance, an essential property of a living (M,R)-system. To have this property, an (M,R)- system must not only be closed to external causation, it must also have its organization coded within itself. Here we shall discuss different aspects of Rosen’s approach, and put it in the context of other theories of the living state, such as autopoiesis and autocatalytic sets.

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4 mai 2010

Ana Soto
(Département d’Anatomie et Biologie Cellulaire, École de Médecine, Université Tuft, Boston, US)

 » Cancer as development gone awry  »

Abstract
The realization that a reductionist program has failed to bring about a more robust understanding of complex phenomena has resulted in an ongoing re-appraisal of old research traditions in embryology and cancer research. Despite studies dating from the end of the 19th century illustrating phenomena such as environmentally triggered polyphenism, the dominant view in developmental biology toward the end of the 20th century was that development was the unraveling of a genetic program where the environment played no relevant role. Also, during the last half of the 20th century, the somatic mutation theory
(SMT) dominanted cancer explanations. The premises of this theoryare: (i) cancer is derived from a single somatic cell that has accumulated multiple DNA mutations, (ii) the default state in metazoan cells is proliferative quiescence, and (iii) cancer is a disease of cell proliferation caused by mutations in genes that control the cell cycle. The research programs and policies emanating from this theory have fallen short both in explaining the causes of cancer and in providing effective treatments. Due to these shortcomings, an older tradition, centered at the tissue level of organization, has been updated as the tissue organization field theory (TOFT) of carcinogenesis and neoplasia and is gaining momentum. This tradition originated in the late 19th century when pathologists began describing the histological pattern of tumors using merely the light microscope and suggesting that altered tissue organization was at the core of neoplasia, thus linking carcinogenesis to embryonic development. In contrast to the SMT, the TOFT postulates that: (i) carcinogenesis represents a problem of tissue organization, (ii) proliferation is the default state of all cells, and (iii) carcinogenesis is a reversible phenomenon.
Carcinogens, as well as teratogens, would disrupt the normal dynamic interaction of neighboring cells and tissues during early development and throughout adulthood. According to this theory, carcinogenesis is comparable to organogenesis gone awry.

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15 juin 2010

Elena Gagliasso
(Département de Philosophie, Université de Rome « La Sapienza », IT)

« Evo-Devo Theories: déplacements philosophiques sur le thème du milieu »

Abstract
Le thème du milieu se trouve aujourd’hui dans une tournure très intéressant.Si dans le XXème siècle le concept de ‘milieu’ a été placé au sommet de la couple antinomique plasticité vs. déterminisme [là où le milieu, en tant que extérieur, jouait le rôle de tout ce qu’était au même temps modifiable par et modificateur de l’organisme, en s’opposant au génétique, l’interieur, comme topos de l’invariance], dans le XXIème siècle ce concept est pris dans l’enjeu d’un affinement de son système de référence à l’égard des objectes, des processus et des significations empreints dans la notion de ‘milieu’.

1) avec l’extension de la conception de ‘niche’, le niveau trophique et celui éco-systémique ont intégré le niveau phylogénétique et évolutif.
2) la biologie du développement, la génomique, la métabolomique et la protéomique, travaillant sur niveaux emboîtés, impliquent maintenant une idée du milieu théoriquement et pratiquement constitutive à l’intérieur même de la cellule et de ses échanges physiques et chimiques. Voilà qu’on assiste à un retour de cette acception du ‘milieu intérieur’ qui a un lien généalogique avec une tradition passé souvent mis à l’écart dans la biologie la plus officielle (les Sensationnistes et Lamarck, Bernard, Waddington).

3) Les eco-evo-devo theories esquissent le paysage d’une pluralité hiérarchique, et au même temps redondante, entre micro et macro milieu, en faisant jouer entre eux les milieux écosystémiques, organiques, cellulaires et génomiques avec une perméabilité des frontières parmi les différents niveaux.
Par conséquent, on se demande si le désamorçage de l’opposition intérieur/extérieur et organisme/milieu est une hypothèse qui entraîne des conséquences, mêmephilosophiques à l’égard des catégories conceptuelles et si ça justifie un regard tout à fait basculante en impliquant, du point de vue théorique, aussi bien la notion de limite:comme ligne, surface ou plutôt lieu d’échange. Lieu d’échange à la fois bâti des liens, ou mieux ‘contraintes’, épigénétiques de la forme (l’intérieur) et de la micro-niche, retentissant toutes les forces de son contexte environnemental (l’extérieur).

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